La Cour des comptes publie, sous la forme d'un fascicule distinct du rapport public annuel, un rapport public particulier intitulé " la gestion du système éducatif ". Le système éducatif représente un enjeu important pour la société française environ 15 millions d'élèves et d'étudiants sont actuellement scolarisés et le ministère de l'éducation nationale rémunère 1,3 million d'agents, dont 990 000 enseignants, soit la moitié des emplois budgétaires de l'Etat. En 2001, le budget de ce ministère s'est élevé à 59,2 milliards d'euros, soit 22,7 % du budget général de l'Etat, et l'effort financier consenti par la collectivité nationale pour le secteur éducatif s'est élevé à 100,7 milliards d'euros, soit 1 690 euros par habitant. Dans ce rapport, les juridictions financières rendent compte des conditions d'emploi des moyens en personnels et en crédits affectés au système éducatif, sans porter de jugement sur les aspects pédagogiques, domaine ne relevant pas de leur compétence. La Cour rappelle, dans l'introduction du rapport, les principaux traits caractéristiques du système éducatif français, puis examine, dans deux parties distinctes, l'enseignement scolaire puis l'enseignement supérieur, chacun de ces deux secteurs se distinguant par une organisation spécifique. Concernant l'enseignement scolaire, la Cour souligne la nécessité de rechercher une cohérence et une clarification des rôles de chacun des acteurs (administration centrale, échelons déconcentrés, collectivités territoriales et établissements scolaires). Elle relève par ailleurs la complexité des procédures de sa gestion et la difficulté à en connaître les coûts et à en apprécier les résultats. Afin d'améliorer l'efficacité de l'enseignement supérieur, la Cour propose, d'une part, que l'Etat assume plus efficacement son rôle de pilote, en renforçant les relations contractuelles avec les établissements et, d'autre part, que les universités soient plus attentives aux coûts de leur gestion, développent l'évaluation et s'ouvrent au contexte européen.